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4月10日,中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所李德新、毕胜利等科研人员,对3例死于非典型肺炎病人的肺标本和其中1例的脾标本进行了冠状病毒检测,用RT-PCR(
逆向转录-聚合链反应)技术从这些标本中扩增出冠状病毒基因,通过核苷酸序列测定证实所扩增基因为冠状病毒的RNA聚合酶基因。他们用分子生物学手段在世界上首次证实在病人器官内存在冠状病毒。通过和其他冠状病毒的基因序列比较，他们发现存在于非典型肺炎病人的冠状病毒为一变异极大的新型冠状病毒。用这些标本在多种细胞成功地分离了冠状病毒，病毒在细胞上已经传了数代，能够稳定出现细胞病变，病毒基因检测持续阳性。他们还从我国非典型肺炎病人咽拭子标本中分离到3株冠状病毒，这些病毒的核苷酸序列和从病人脏器中获得的相同。我国科研人员在肺、脾等脏器发现病毒，对于确定病原的意义重大。由于他们已经克隆了冠状病毒部分基因，成功分离到数株冠状病毒，目前已经开始研制冠状病毒诊断试剂。
4月10日下午担任中国疾病预防控制中心病毒形态学研究室主任的洪涛院士说，目前两种主要致病病毒已初步找到，衣原体病毒培养已获成功，现正处于动物试验阶段。但目前哪种病毒为主要致病病因尚不清楚，洪院士倾向于两种病毒联合发生作用。在中国广东省进行调查的世界卫生组织专家小组发言人鲍威尔说，中国疾病预防控制中心的专家，从来自不同地区、不同医院的5例非典型肺炎的尸解标本中，发现典型的衣原体（chlamydia）样颗粒，但它并非传染病常见的三种衣原体。根据形态学证明，有关衣原体可能是中国非典型肺炎的病因。鲍威尔不排除衣原体同另一种病源冠状病毒联合造成流行的可能性。
4月10日加拿大哥伦比亚省迈克尔和史密斯基因组科学中心说，取得破解非典型肺炎病毒遗传密码的突破性进展，这将有利于研制一种有效疫苗并发展可靠的诊断法。该基因序列已在网络上公布（www.bcgsc.bc.ca）。该中心说，其基因组似乎是一种“全新”冠状病毒，与任何已知人类或动物病毒无关。在美国亚特兰大，疾病控制和预防中心的一个小组也得出同样结论，两个小组的科学家都说，这种病毒令人吃惊的新奇，可能造成不容易追查它是来自哪种动物或鸟类，如果它真的是源自另一种物种的话。
4月16日在日内瓦正式确认，冠状病毒的一个变种是引起非典型肺炎的病原体。世界卫生组织称，上述结论是来自全球13个实验室的科学家当天在日内瓦举行会议之后得出的。此前，4月14日美国科学家宣布绘制出了新型冠状病毒的基因组序列图，这种病毒基因共包含29727个核苷酸。
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